不動産売却の税金を法人名義で最適化！手残りを増やす賢い出口戦略

法人として不動産を売却する際、個人の譲渡所得税とは異なる複雑な税制に戸惑う経営者の方は少なくありません。

2026年3月末に期限を迎える特例措置もあり、売却のタイミング次第で納税額に数百万円以上の差が出る可能性があります。

本記事では、プロの視点から法人名義での売却にかかる税金の仕組みと、手残りを最大化するための具体的な節税戦略を解説します。

法人が不動産を売却した際にかかる税金の全体像

法人による不動産売却では、個人のように「譲渡所得」として分離課税されるのではなく、本業の利益と合算して計算される点が最大の特徴です。

法人が納めるべき主な税金には、国税である法人税のほか、地方税である法人住民税や法人事業税が含まれます。

これらを合算した「実効税率」を把握しておくことが、正確な収支シミュレーションを行うための第一歩となります。

法人税の計算基礎となる所得の考え方

法人税は、売却価額から帳簿価額（簿価）と譲渡費用を差し引いた「売却益」に対して課税されます。

この利益は他の事業年度の損益と通算されるため、本業が赤字であれば不動産売却益と相殺して税負担を抑えることが可能です。

ただし、建物の場合は減価償却によって簿価が下がっているため、予想以上に売却益が大きく算出される傾向にあります。

地方税を構成する住民税と事業税の仕組み

法人住民税は、法人税額を基準に計算される「法人税割」と、資本金等に応じて定額でかかる「均等割」で構成されます。

法人事業税は所得金額に応じて課されますが、外形標準課税の対象となる大規模法人の場合は計算がさらに複雑になります。

これらの地方税は、翌期の所得計算において損金算入できるものがあるため、キャッシュフローの予測には注意が必要です。

実効税率の目安と資本金による違い

中小法人の場合、年800万円以下の所得に対しては軽減税率が適用されるため、実効税率は低く抑えられます。

一方で、資本金1億円を超える大企業や、所得が数千万円を超える場合は、実効税率は約30％から34％程度が目安となります。

売却を検討する際は、自社の資本金規模と当期の予想利益を照らし合わせることが不可欠です。

短期所有でも重課税が停止されている背景

かつては土地の短期転売を抑制するために「土地譲渡益重課制度」が存在していましたが、現在は適用が停止されています。

この停止措置は2026年3月31日までの譲渡分が対象となっており、現時点では短期売却でも追加の罰則的な課税はありません。

しかし、制度の復活や改正の動向には常にアンテナを張っておく必要があります。

印紙税や登録免許税といった流通税の負担

売買契約書に貼付する印紙税は、契約金額に応じて段階的に設定されており、現在は軽減措置が適用されています。

抵当権の抹消登記などが必要な場合には登録免許税も発生し、これらはすべて譲渡費用として計上可能です。

少額に見えますが、数億円単位の取引では印紙税だけでも数万円から十数万円の出費となるため、事前に予算化しておきましょう。

消費税課税事業者における建物代金の扱い

法人が建物を売却する場合、土地は非課税ですが建物分には消費税が課税されます。

売却価格を「税込」で設定するか「税抜」で交渉するかによって、最終的な法人の受取額が大きく変動します。

免税事業者でない限り、預かった消費税は後に納税義務が生じることを忘れてはいけません。

仲介手数料や測量費などの譲渡費用の内訳

不動産会社に支払う仲介手数料は、売却価格の3％＋6万円（税別）が上限として一般的です。

その他にも、境界確定のための測量費や建物の解体費用、立退料なども譲渡費用として認められます。

これらの領収書を適切に保管し、1円でも多く経費計上することが節税の基本です。

個人と法人の比較で見えてくる売却の有利・不利

不動産を個人名義で売却するか、法人名義で売却するかは、所有期間と所得規模によって最適解が分かれます。

個人は所有期間が5年を超えると「長期譲渡所得」として税率が約20％に下がりますが、法人は期間に関わらず一定です。

ここでは、両者の具体的な税率差や、法人ならではの柔軟な損益通算のメリットについて詳しく比較していきます。

所有期間が5年以内の場合の税率差

個人が5年以内に売却すると、短期譲渡所得として約39％という非常に高い税率が課されます。

一方で法人の実効税率は高くても34％程度であるため、短期売却においては法人の方が有利になるケースが多々あります。

特に不動産価格が上昇している局面での早期利益確定を狙うなら、法人の機動力が活きてきます。

他の所得との損益通算ができる範囲の広さ

個人は不動産の売却損を給与所得などと合算（損益通算）することが原則としてできません。

これに対し、法人は不動産の売却損を本業の赤字と通算できるだけでなく、過去の欠損金とも相殺可能です。

この柔軟性が、法人が不動産投資や資産運用において「税務上のプラットフォーム」として選ばれる大きな理由です。

役員報酬の活用による利益の分散効果

法人の売却益をそのまま内部留保するのではなく、役員報酬として個人に分配することで、法人全体の課税所得を圧縮できます。

個人側で所得税・住民税が発生しますが、累進税率の低い範囲で支給すれば、トータルの税負担を軽減できます。

ただし、役員報酬は定期同額給与などのルールを守らなければ損金算入できないため、計画的な実行が求められます。

退職金準備としての売却益の出口戦略

長期的な視点では、役員の引退時期に合わせて不動産を売却し、その利益を退職金の原資に充てる手法が極めて有効です。

退職所得は他の所得と分離して計算され、さらに多額の控除が受けられるため、税効率が非常に高い出口となります。

不動産という「含み益」を、最も税金の安いタイミングで現金化する戦略的な判断が重要です。

• 損益通算
• 欠損金繰越
• 役員報酬
• 退職金
• 減価償却

2026年3月末までに検討すべき強力な節税特例

不動産売却における節税の要は、国が用意している「特例」をいかに使いこなすかにかかっています。

特に法人が事業用資産を買い換える際に利用できる特例は、納税を将来に先送りできるため、キャッシュフローの改善に劇的な効果をもたらします。

ただし、これらの特例の多くには適用期限が設定されており、現行の有利な条件を利用するには早めの意思決定が必要です。

特定資産の買換特例による課税の繰延べ

一定の要件を満たす事業用不動産を売却し、新たに別の事業用資産を取得した場合、譲渡益の80％を繰り延べることができます。

これは税金が免除されるわけではありませんが、手元に残る現金を再投資に回せるため、資産拡大のスピードを加速させます。

適用には地域要件や資産の種類に制限があるため、専門の税理士による事前確認が欠かせません。

固定資産の交換特例を活用した資産整理

同一種類の資産（土地と土地など）を等価で交換した場合、譲渡がなかったものとして課税を回避できる特例があります。

隣地との境界整理や、共有名義の解消など、事業の効率化を目的とした資産の組み換えに非常に有効です。

所有期間が1年以上であることなど、形式的な要件が厳しいため、契約書の作成段階から慎重な準備が求められます。

収用等に伴う5,000万円の特別控除

公共事業などのために土地を売却（収用）した場合、最高5,000万円までの特別控除が受けられる制度です。

法人の場合でも、一定の条件を満たせばこの控除や、代替資産を取得した際の圧縮記帳が選択可能です。

自治体や国からの補償金を受け取る際には、どの特例を適用するのが最も有利か、緻密な計算が必要となります。

平成21年・22年に取得した土地の特別控除

リーマンショック後の景気対策として導入された、平成21年および22年に取得した土地に対する1,000万円の特別控除です。

所有期間が5年を超えていることが条件ですが、法人の所得から直接控除できるため、大きな節税効果を発揮します。

当時購入した物件を売却検討中であれば、帳簿上の取得時期を必ず再確認してください。

不動産売却時に見落としがちなコストとリスク管理

売却益に対する税金以外にも、法人が不動産を手放す際には注意すべきコストやリスクが潜んでいます。

特に建物付きの物件を売却する場合、過去に行ったリフォーム費用の会計処理や、瑕疵担保責任への備えが必要です。

取引が完了した後に思わぬ損失が発生しないよう、法務と税務の両面からチェックポイントを整理しておきましょう。

繰越欠損金の控除限度額と活用ルール

過去の赤字（欠損金）は最長10年間繰り越すことができますが、大規模法人の場合は控除限度額に制限があります。

中小法人の場合は所得の全額を欠損金で相殺できますが、売却益が多額になると欠損金を使い切ってしまうこともあります。

次年度以降の事業計画も踏まえ、今期に全額売却するのがベストかどうかを吟味してください。

契約不適合責任に備えるための修繕費計上

売却後に建物に不具合が見つかった場合、法人は契約不適合責任（旧：瑕疵担保責任）を負うことになります。

事前にインスペクション（建物状況調査）を行い、必要な修繕を済ませておけば、その費用は譲渡原価として計上可能です。

売却価格を下げるよりも、修繕して適正価格で売る方が税務上有利になるケースもあります。

専属の税理士と連携した事前シミュレーション

不動産売却は一回あたりの金額が大きいため、計算ミスや特例の適用漏れが法人の経営に直撃します。

決算期をまたぐかどうかだけで、納税のタイミングや資金繰りが大きく変わるため、契約前に必ずシミュレーションを行いましょう。

特に消費税の簡易課税制度を選択している場合、不動産売却によって課税売上割合が変動し、翌期以降の税負担が増えるリスクもあります。

信託受益権化による流通コストの低減策

大規模な物件であれば、不動産そのものではなく「信託受益権」として売却する手法も検討に値します。

登録免許税や不動産取得税などの流通コストを抑えられるため、買い手にとってもメリットがあり、結果として高く売れる可能性があります。

ただし、信託設定のための手数料や管理コストがかかるため、コストパフォーマンスの検証が不可欠です。

非上場株式の評価額への影響と相続対策

同族会社の場合、不動産を売却して現金化すると、会社の純資産価値が上昇し、自社株の評価額が跳ね上がることがあります。

これが将来の相続税負担を増大させる原因になるため、事業承継を控えている場合は注意が必要です。

売却後の現金をどのように活用し、株価をコントロールするかまでセットで考えるのが一流の経営判断です。

不動産売却の税金を法人で抑えるための最適解まとめ

法人の不動産売却は、単なる資産の現金化ではなく、法人の財務体質を強化するための重要な経営戦略です。

個人と異なり、事業所得との損益通算や役員報酬・退職金への振替など、税負担をコントロールする手段が豊富に用意されています。

特に2026年3月末に期限を迎える買換特例などの活用は、キャッシュフローを最大化させるための鍵となります。

一方で、消費税の扱いや自社株評価への影響など、法人特有の留意点も多く、独断での進行はリスクを伴います。

信頼できる不動産会社や税理士とタッグを組み、自社にとって最も手残りが多くなるタイミングと手法を見極めてください。